SIABO
Semantic Information Access through Biomedical Ontologies
http://siabo.dk/index.php

Organisering af biomedicinsk viden
At sikre sig et godt fagligt overblik er en meget stor arbejdsbelastning for biomedicinske forskere. Denne byrde kan lettes ved at udvikle et program som kan repræsentere den biomedicinsk viden i en computer som et net af relationer som fx materiale, årsag, middel, tid, sted, måde, osv.

Forskningsprojektet SIABO udvikler teorier og metoder til løsning af problemer i forbindelse med repræsentationen af biomedicinsk viden i en computer. Formålet er at udvikle nye værktøjer til biomedicinske forskere, der udfolder denne viden. Der sigtes særligt på ontologier til repræsentation af biomedicinsk viden, hvor begreberne ordnes og relateres, bl.a. ved et hierarki af over- og underbegreber. SIABO bygger på anvendelsen af såkaldt ”generative ontologier”, hvori nye begreber kan dannes af andre begreber med særlige relationer (f.eks. årsag, materiale, middel, m.m.). Der søges udviklet en ”ontologisk semantik”, som muliggør en avanceret form for data-mining i tekster hvor samme begreb kan genkendes ud fra forskellige sproglige formuleringer. Der fokuseres på udnyttelse af ontologien til indeksering og søgning i biomedicinske tekster for herigennem at muliggøre sammenligning af tekster og tekstfragmenter baseret på det begrebsmæssige indhold snarere end blot ord eller søgestrenge. SIABO forener forskning i informationssøgning og ontologier med biomedicinsk forskning, bl.a. omkring formalisering af biomedicinsk viden.